Hra je vyvíjena v tajné laboratoři nacházející se na dně oceánu. Tady v osamění žil excentrického vědce, zkušenosti a experimenty kolegové mu vyčítat. Jeho hlavním úkolem bylo vytvořit živá bytost nadáni rozumem a roky později to udělal. Ale zároveň tvůrce zmizela za záhadných okolností, takže Goo (toto jméno dostal jeho potomky) a čekat, až chybět. Hrdina unavený visí v baňce fotoaparátu a dostat se z toho, šel na prohlídku areálu najít stopy chybějící přítele. Schopnost zvolit míru pružnosti pomůže překonat různé překážky, vyrovnat se s nepřítelem a proniknout k místu, kde obyčejný člověk, nebo jak se dostat.